物件売却にかかる税金は？投資物件の譲渡所得・取得費・申告の確認ポイント

物件売却の税金は、売却代金全額に同じ税率を掛けて求めるものではありません。まず売主様が個人か法人か、物件が自宅か投資用か、土地と建物をいつ・いくらで取得したかを確認します。ローン返済後の手残りと、税務上の利益も別の数字です。

本記事では、物件・投資物件の売却にかかる税金について、個人の譲渡所得の計算、取得費と減価償却、申告前の準備を、民泊運営者でもあるTabiji Partners代表の濱口が解説します。税額の個別判断は税理士・税務署に確認してください。

物件売却では、利益への税金と取引に伴う税金を分ける

以下の譲渡所得の説明は、個人が保有する土地・建物の売却を中心としています。販売用の棚卸資産の売却や会社の株式譲渡には、そのまま当てはまりません。

個人の譲渡所得を計算する順序

1．売却収入から取得費・譲渡費用を引く

課税対象となる譲渡所得は、原則として「譲渡価額 − 取得費 − 譲渡費用 − 適用できる特別控除額」で考えます。取得費は買ったときの代金だけでなく、取得に要した費用なども確認します。譲渡費用は売却のために直接必要だった費用です。所有期間中の支出がすべて差し引けるわけではありません。

2．建物は減価償却後の取得費を確認する

建物の取得費は、所有期間中の減価償却費相当額を差し引いて計算します。投資物件では、確定申告書や減価償却明細を確認し、購入時の建物代金をそのまま取得費にしないようにします。土地は建物と分けて計算します。過去に必要経費にした費用を、取得費として二重に差し引かないことも必要です。

3．所有期間を「売却年の1月1日」で判定する

上記は所得税、復興特別所得税、住民税の合計で、特例による軽減等がない場合です。長期は所得税15％・復興特別所得税0.315％・住民税5％、短期は30％・0.63％・9％です。売買契約の日に取得から5年を過ぎていても、売却年の1月1日の判定では短期になる場合があります。相続・贈与では原則として前の所有者の取得時期を引き継ぐため、資料を確認してください。

投資物件の売却で間違いやすい点

売値が購入額を下回っていても、課税所得が出ることがある

次は説明用の仮定例です。売却収入3,000万円、減価償却後の取得費2,000万円、譲渡費用150万円、特別控除なしなら、課税譲渡所得は850万円です。通常の長期税率20.315％を掛けた概算は172万6,775円です。実際の申告では端数処理や他の条件も反映されます。ローン残高はこの式の取得費に置き換えることはできません。

取得費が不明な場合は、資料の探索と概算取得費を比較する

取得費が不明な場合などには、譲渡価額の5％を概算取得費とする取扱いがあります。ただし、実際の取得費を証明できた方が税負担が小さくなる可能性があります。購入時の契約書、領収書、通帳、相続関係書類などを探し、使える証拠と計算方法を税理士等に確認しましょう。

自宅向けの3,000万円特別控除を投資物件にそのまま使わない

マイホーム売却時の特例は、居住用財産としての要件などを満たす場合の制度です。賃貸用・民泊用の物件だから一律に適用されるものではありません。以前自宅として使っていた物件、店舗や事業との併用物件は、居住実態、転居時期、使用面積等を整理して適用可否を確認します。特例で納税額がなくなる場合も、申告が必要になることがあります。

法人と消費税は別に判定する

法人が所有する物件の売却益は、法人の所得計算の中で扱います。個人向けの20.315％・39.63％を法人に適用して手残りを試算しないでください。会社の株式を売る場合は、会社が物件自体を売る場合とも異なります。

消費税では土地の譲渡は非課税ですが、事業として行う建物の譲渡は課税対象となり得ます。住宅の賃料が非課税であっても、賃貸用建物の売却まで当然に非課税になるわけではありません。さらに、課税取引かどうかと、売主様に納税義務があるかどうかは別の確認です。基準期間の課税売上高、インボイス登録、課税事業者の選択などを整理しましょう。

契約前から申告に向けてそろえる資料

価格交渉の段階で税引き後の資金を試算し、契約後は確定した金額で更新します。売却代金をすべて返済や次の購入に充てる前に、納税に必要な資金を分けて確保すると資金繰りを考えやすくなります。具体的な申告期限・様式は売却した年分の国税庁案内を確認してください。

民泊の運営事業も売却する場合

土地・建物の所有権の売却と、家具・備品・営業上の資産や契約を対象にする事業譲渡は、対象資産も税務上の論点も異なります。民泊事業の売却をあわせて検討する方は、民泊事業の売却と相談の進め方で対象範囲を整理してください。売却手続き全体は物件売却の流れと必要書類でも説明しています。

参照した一次情報

国税庁：譲渡所得の計算のしかた
国税庁：長期譲渡所得の税額
国税庁：短期譲渡所得の税額
国税庁：取得費となるもの
国税庁：建物の取得費
国税庁：マイホーム売却時の特例
国税庁：個人の事業用建物等を売却した場合の消費税
国税庁：消費税の納税義務の免除
国税庁：消費税が非課税となる取引
確認日：2026年9月7日。個別の税務判断や特例適用は税理士・税務署にご確認ください。